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Skypeで(A)や(B) と入力すると顔文字になってしまいます。

顔文字を入力したいのではなく、普通に文字として(A)を入力するには次の様にします。

メニュー ＞ ツール(T) ＞ 設定… ＞ チャット & SMS ＞ チャット表示スタイル

絵文字の表示のチェックを外します。

注意点

ただし、この方法だと意図的に絵文字を送信しようと思っても出来なくなってしまいます。用途に応じて設定を切り替えましょう。

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