TeamViewer9の標準設定では、複数の端末に接続すると同一ウィンドウ内にタブ形式で端末を切り替えて使う方法になっています。
しかしこれでは非常に使い辛いです。
その場合には、以下の設定を行う事により別ウィンドウで各端末に接続する事が出来ます。
その他 > オプション
リモートコントロール > リモートコントロールのデフォルト > タブで新しい接続を開く
にチェックを入れてOKボタンを押します。
タブで開く、別ウィンドウで開くといろいろと試してみましたが結論として遠隔操作を複数の端末に対して行う場合には、タブで開く様にした方が使い勝手が良いです。