メールのタイトルやヘッダー、フッターについては
EC-CUBE管理画面の 「基本情報管理」→「メール設定」から
編集したいテンプレートを選択し、簡単に編集ができます。

メールの本文内容等をカスタマイズしたい場合は
/data/Smarty/templates/default/mail_templates/ 内にあるファイルを直接編集します。

そして「注文受付メール」をカスタマイズする場合は下記のファイルを編集します。
/data/Smarty/templates/default/mail_templates/order_mail.tpl

例として、
『 選択したお支払方法が「銀行振込」だった場合、
自動返信メールの内容に銀行口座情報を記載したい 』
と仮定して説明していきます。

お支払い方法は 「order_mail.tpl」内で
{$arrOrder.payment_method} と記載されています。
ですので、口座番号を記載したい部分に下記のように追記します。

 
これで、銀行振込 を選択したお客さんへのみ
銀行の口座番号の記載されたメールを送信できます。